Zgodnie z nowoczesną koncepcją modelu rolnictwa, uwzględniającą wyniki Rady Europejskiej z Göteborga, które wprowadziły problematykę zrównoważonego rozwoju jako warunek konieczny do osiągnięcia pozostałych celów dotyczących wzrostu gospodarczego - poza podstawową funkcją, jaką jest produkcja artykułów rolnych - obszary wiejskie pełnią ważną rolę w zakresie ochrony środowiska, w tym ochrony zasobów wodnych i gleb, kształtowania krajobrazu, ochrony i zachowania siedlisk oraz różnorodności biologicznej.

Dobry stan środowiska naturalnego i różnorodność biologiczna Polski wyróżnia się na tle innych krajów Europy. W związku z tym wprowadzone zostaną odpowiednie instrumenty wsparcia oraz zachęty dla rolników, które będą sprzyjały zachowaniu i poprawie stanu siedlisk przyrodniczych i ostoi gatunków, stanowiących dobro publiczne. Cel ten będzie realizowany poprzez bezpośrednie działania, związane z odpowiednimi praktykami rolniczymi w obrębie gospodarstwa, takimi jak promowanie zrównoważonego sposobu gospodarowania, odpowiednie użytkowanie gleb i ochrona wód, kształtowanie struktury krajobrazu, przywracanie walorów lub utrzymanie stanu cennych siedlisk użytkowanych rolniczo. W tym aspekcie szczególne znaczenie mają obszary objęte siecią Natura 2000 oraz obszary, na których będą realizowane działania zgodne z Ramową Dyrektywą Wodną (2000/60/WE) w zakresie wspólnotowego działania w dziedzinie polityki wodnej.

W ramach Programu Rozwoju Obszarów Wiejskich na lata 2007-2013 przewiduje się uruchomienie działania pt. „Płatności dla obszarów Natura 2000 oraz związanych z wdrażaniem Ramowej Dyrektywy Wodnej”, składającego się ze schematu Płatności dla obszarów Natura 2000 oraz schematu Płatności związane z wdrażaniem Ramowej Dyrektywy Wodnej (program wodnośrodowiskowy).

Działanie to zostanie uruchomione po opracowaniu wymaganych przez KE planów zarządzania lub w innych narzędzi zarządzania tymi obszarami w równoważnej formie – dla obszarów Natury 2000, a także planów gospodarowania wodami dla Płatności związanych z wdrażaniem Ramowej Dyrektywy Wodnej.

Do czasu uruchomienia tego działania, budżet konieczny do jego realizacji, oszacowany na poziomie 550 mln euro zostanie ujęty w osi 2 Programu, w ramach działania program rolnośrodowiskowy, z czego ok. 450 mln euro zostanie przeznaczone na schemat „Płatności dla obszarów Natura 2000”.

Zachowanie i dobry stan środowiska obszarów rolnych, w tym osiągnięcie i utrzymanie dobrego stanu wód i gleb, wiąże się między innymi z utrzymaniem ciągłości ich użytkowania rolniczego, tradycyjnego użytkowania łąk i pastwisk.

Dotyczy to także obszarów, gdzie ze względu na utrudnienia wynikające z obecności gruntów słabszej jakości oraz położeniu na stokach oraz w paśmie podgórskim i górskim, jest to mało opłacalne. W rejonach tych istnieje ryzyko marginalizacji i zaprzestania działalności rolniczej na gruntach rolnych o słabszej jakości. W związku z tym szczególne tam konieczne będzie zapewnienie wsparcia dla użytkowania rolniczego. Planowany obszar do objęcia instrumentami sprzyjającymi unikaniu marginalizacji i zaprzestania działalności rolniczej na gruntach rolnych o słabszej jakości pokrywa ponad 53% powierzchni kraju.

Poprawa środowiska i zrównoważone użytkowanie obszarów wiejskich wiąże się nie tylko z gruntami rolnymi, ale również z lasami. W tym celu planowane są instrumenty, które przyczynią się do zwiększenia stopnia lesistości w Polsce, poprzez przeznaczanie gruntów rolnych (użytkowanych i odłogowanych) do zalesienia.

Większość możliwych do realizacji działań związanych z ochroną środowiska naturalnego ma charakter wieloletni, a ich realizacja będzie w sposób trwały wpływać na zrównoważony i wielofunkcyjny rozwój obszarów wiejskich. Ze względu na uniwersalny charakter działań i zróżnicowaną ofertę, z instrumentów wsparcia będą korzystały zarówno silne i dobrze zorganizowane gospodarstwa, jak również mniejsze, funkcjonujące w sposób tradycyjny, tj. przy dużych nakładach pracy własnej i niewielkiej presji na środowisko.

Monitoring środowiskowy w ramach osi 2 może być prowadzony przez jednostki podległe Ministrowi Rolnictwa i Rozwoju Wsi.